生物処理の最も重要な部分であり、し尿が投入される好気性消化槽第１槽の入口ですでに固液分離ができ、し尿臭は無くなります。バチルス菌を活発に働かせるため、顕微鏡で活性汚泥中の微生物を観察することにより、空気量・汚泥返送量を調整しています。

　

　昭和61年、職員の設計・監督により地元の業者が施工しました。し尿受槽・貯留槽から発生する高濃度臭気を消化槽へ吹き込んでおり、バチルス菌が分解・資化します。臭気の除去率は99％以上であり、これにより脱臭用の薬品が年間1,000万円以上削減できるようになりました。

　平成２年、遠心脱水機から高圧ベルトプレス型脱水機に更新、含水率が86％から80％以下（平均79％）に低下し、脱水汚泥の全量がコンポスト化されるようになりました。高圧ベルトプレス型脱水機の仕様は次のとおりです。

　平成８年度に導入し、脱水汚泥を副資材を投入せず、コンポスト化しています。直径３ｍ、長さ20ｍ、滞留時間約20日間であり、バーナーなどの熱源を使わずにバチルス菌の発酵熱により乾燥させます。